Akcja rozgrywa się w 2013 roku, w nowoczesnym i ?idealnym mieście znanym jako No. 6. Głównym bohaterem jest Shion, chłopiec wychowujący się w ekskluzywnym obszarze miasta. W dniu swoich dwunastych urodzin ratuje i udziela schronienia chłopcu, który przedstawia się jako Nezumi (co dosłownie znaczy szczur). Po poznaniu Nezumiego, życie Shiona drastycznie się zmienia...