Black Water poprzez opowieść o pogrążonym w kryzysie człowieku zgłębia najbardziej mroczne wydarzenia historii najnowszej ? przenosimy się z Indonezji końca lat dziewięćdziesiątych do zimnowojennej Europy, z okresu dzieciństwa głównego bohatera w Kalifornii z czasów walki o prawa obywatelskie do Indonezji 1965 roku, gdy rozpoczynają się zbrodnie ludobójstwa.
John Harper ukrywa się w odosobnionej chacie na tropikalnej wyspie. Nocą, gdy nie może zasnąć, leży wsłuchany w deszcz bębniący o dach i rozmyśla o mogącym mu grozić niebezpieczeństwie. Ale bardziej niż to, co się może z nim stać, przeraża go to, co sam kiedyś zrobił.
W pobliskim miasteczku spotyka Ritę, kobietę naznaczoną przez własną tragiczną historię. Nawiązują ze sobą romans, ale czy są w stanie pomóc sobie nawzajem i osiągnąć odkupienie? Czy też upiory przeszłości ostatecznie i tak ich dopadną?