Kiedy Thomas budzi się w ciemnej windzie, jedyną rzeczą jaką pamięta jest jego imię. Kiedy drzwi się otwierają jego oczom ukazuje się grupa nastoletnich chłopców, która wita go w Strefie ? otwartej przestrzeni otoczonej wielkimi murami, która znajduje się w samym centrum wielkiego i przerażającego Labiryntu.
Podobnie jak Thomas, żaden z mieszkańców Strefy nie wie z jakiego powodu się tu znalazł i kto ich tu zesłał. Czują jednak, że ich obecność nie jest przypadkowa i każdego ranka próbują znaleźć odpowiedź, przemierzając korytarze otaczającego ich Labiryntu. Jednak ta droga nie jest łatwa, bowiem Labirynt skrywa swoje okrutne tajemnice.
Kiedy następnego dnia po Thomasie windą do Strefy po raz pierwszy zostaje dostarczona dziewczyna przynosząc tajemniczą wiadomość, wszyscy Streferzy zdają sobie sprawę, że od tej pory nic nie będzie już takie jak było. Thomas podświadomie czuje, że to właśnie on i dziewczyna są kluczem do rozwiązania zagadki Labiryntu i znalezienia wyjścia. Ale z każdą chwilą czasu na to jest coraz mniej, a pytań wciąż więcej. Dlaczego w ogóle znaleźli się w Strefie? Jaka jest ich rola? Kim są Stwórcy, którzy sprawują nad nimi kontrolę? Czym jest Labirynt i czy można znaleźć z niego wyjście? Jaką cenę przyjdzie im za to zapłacić i czy są na to gotowi? Szansa jest tylko jedna: Znajdź wyjście albo giń.